Program smart city yang terdiri dari 6 dimensi memiliki program unggulan yang akan dilaksanakan oleh Pemerintah daerah. Program ini merupakan program yang memiliki dampak langsung kepada masyarakat dan dapat terlaksana secara konsisten oleh pemerintah daerah, adapun program unggulan dari masing-masing dimensi smart city Kabupaten Manokwari

1. Smart Governance / PASUTRI (Pelayanan Langsung Terima)

2. SMART BRANDING / MHC= Manokwari, the Historical City

3. SMART ECONOMY / SIKERJA (SISTEM INFORMASI TENAGA KERJA)

4. SMART SOCIETY / Sistem Informasi Kesejahteraan Sosial Next Generation

5. SMART LIVING / Gerakan Eliminasi Malaria Manokwari (GEMARI) 6. SMART ENVIRONMENT / INARISK